В структуру МРЦПКиДО входят:

- Руководитель Межотраслевого регионального центра повышения квалификации и дистанционного образования (МРЦПКиДО)

И.о. директора МРЦПКиДО - И.Н. Джазовская

- Отдел переподготовки и повышения квалификации государственных и муниципальных служащих 

 начальник отдела - С.Г. Колмыкова

- Отдел системного администрирования и электронных изданий

начальник отдела - А.В. Ширканов